Während den Wirren des Bauernkrieges wird die Klause nach Rottweil verlegt und mit dem Dominikanerinnen-Kloster verschmolzen. Nach dem Tod des St. Georgener Abtes Johannes erfolgt die Übergabe Bühlingens an die Stadt Rottweil. Württemberg erkennt die Besitzrechte der Stadt jedoch nicht an und behält die Oberhand über den Flecken. Durch den Einfluss der Stadt Rottweil bleibt die Bühlinger Kirche dennoch katholisch.
Kapelle an der Römerstraße
An der Abzweigung zu Roten Steige steht das im Volksmund so genannte „Pflugwirts-Käppele“.
Das darin ausgestellte Triptychon zeigt in der Mitte den Gnadenstuhl (Gottvater mit Christus und dem Hl.Geist), links und rechts die beiden Heiligen Richard und Ernest.
Deren Abbilder hatte der Stifter, der damalige Pflugwirt Gaiser, für seine im Krieg gefallenen Söhne in Auftrag gegeben. An den 1924 von Kirchenmaler August Blepp gemalten Holztafeln wurden im Jahre 2007 umfangreiche konservatorische und restauratorische Maßnahmen durchgeführt.
St. Silvester-Kapelle in Bühlingen
Bühlingen scheint schon immer eine Silvesterkapelle besessen zu haben. Zum ersten Mal wird die Kapelle mit Schwesternklause zu Ehren des Papstes Silvester urkundlich im Jahr 1311 erwähnt.
Das Kirchlein war 46 Schuh lang, 20 Schuh breit und 15 Schuh hoch. 1444 erhielt das Kloster St. Georgen die Besitzrechte über das Dorf Bühlingen, vermutlich vom Kloster Allerheiligen bei Schaffhausen, das hier Besitz und Einfluss hatte.